《少女殺手阿墨》講述了一位從小在殺手組織中長大的少女，名叫阿墨，她被賦予了一項使命：刺殺對立大名，結束連年的戰亂。在這部漫畫中，阿墨的故事穿插在許多歷史事件中，展現了她不斷成長和思考的過程。
阿墨是師父小幡月斎手下的唯一女高徒，她和其他九位高徒一樣，接受了嚴苛的訓練，並肩負著刺殺大名的使命。她的第一個任務是與摯友那智一起，在師父的命令下互相廝殺，這場殘酷的戰鬥成為了阿墨心中永遠的傷痛。隨後，她們被派去屠殺一個忍者村，師父通過這些任務告訴她們作為殺手不能選擇被殺的對象。
隨著故事的進展，阿墨和其他活下來的高徒們開始質疑自己的使命，思考自己的行為是否正確。她們面臨著許多倫理和道德上的困惑，並逐漸意識到自己的行動可能帶來的後果。作品中涉及了許多深刻的哲學問題，引發了讀者對生死、正義和犧牲的思考。
這部漫畫通過阿墨的故事，探討了人性的複雜性和道德的辨析，呈現了一個殘酷而又真實的世界。阿墨的成長過程充滿了衝突和掙扎，但她始終堅持自己的信念，為了正義和和平而奮鬥。